1996年与刘搭档获得中国乒乓球协会杯男子双打和男子单打冠军；在第26届奥运会男子单打第八场决赛中，他不敌，与刘一起获得男子双打冠军；首届ITTF职业巡回赛决赛男单冠军；亚锦赛男单、男双冠军。在悉尼奥运会男单决赛中。
1996年，亚特兰大的奥运会中，孔令辉并没有如愿摘得金牌，可是孔令辉也并没有气馁，而是继续打磨自己的球技。 在1999年 ，孔令辉 就曾经裁在了瓦尔德内尔的手里，时间来到了2000年，悉尼奥运会男单比赛中，孔令辉和瓦尔德内尔再次狭路相逢。 这。
孔令辉是1996年亚特兰大奥运会男子双打冠军，2000年悉尼奥运会男子单打冠军。
1999年，他获第二十七届奥运会男单冠军、男双亚军。2000年，在悉尼奥运会男单决赛上，孔令辉成为小球时代的终结者，实现了“大满贯”。03 退役后陷入困境孔令辉于2006年正式宣布退役，从此担任中国女子乒乓球队教练。
直到刘国梁和孔令辉双子星的成长，给中国乒乓球队注入了新鲜的力量，90年代后期，中国乒乓球队才逐渐开始领衔瑞典一个身位，孔令辉也在2000年奥运会决赛击败老瓦完成自己的大满贯。孔令辉总共获得过11个世界冠军，其中三大赛单打冠军。
2000年9月25日晚，悉尼奥运会男单决赛，孔令辉3比2力克乒坛“常青树”瓦尔德内尔，成为小球时代的终结者。他夺冠后狂吻胸前的国旗，紧闭双眼，仰天长啸、泪流满面，随后跳进教练怀中庆祝，孔令辉实现了“大满贯”。2000年后。
在2000年悉尼奥运会上，孔令辉与刘国梁合作夺得乒乓球男子双打银牌。
2000年悉尼奥运会共获得四块金牌，分别是：男单：孔令辉；女单：王楠；男双：王励勤/阎森；女双：王楠/李菊。
悉尼奥运会决赛夺金孔令辉很激动 现要取决于2000年的悉尼奥运会。孔令辉的表现没有让国人失望，他一路过关斩将杀进决赛。对阵瑞典名将瓦尔德内尔，25岁的孔令辉迸发出了巨大的斗志。在前四局不分高低打成平手后，孔令辉在决胜局中彻底摧毁了。
2000年悉尼奥运会乒乓球男子单打冠军是孔令辉（他说自己最难忘的比赛是第43届世乒赛，2000年悉尼奥运会 。